Institutul de Ecologie şi Geografie a fost înființat în conformitate cu Hotărârea Guvernului Republicii Moldova „Cu privire la măsurile de optimizare a infrastructurii sferei științei şi inovării" nr.1326 din 14 decembrie 2005 prin contopirea Institutului Național de Ecologie al Ministerului Ecologiei şi Resurselor Naturale şi Institutului de Geografie al A.Ş.M.
Dezvoltarea științei geografice în Republica Moldova a început din a. 1946, când în componența Bazei Moldovenești de cercetări științifice a Academiei de Științe a U.R.S.S a fost creat Sectorul de Economie şi Geografie, care în a. 1950 a fost transformat în Sectorul de Geografie şi Cartografie în cadrul Sectorului de Economie (din 1960 - Institutul de Economie) a Filialei Moldoveneşti a A.Ş. a U.R.S.S.; în a. 1965 pe baza acestui sector a fost creată Secţia de Geografie a Academiei de Ştiinţe a R.S.S.M., cărei luând în considerație actualitatea, importanța practică şi teoretică a cercetărilor, potențialul științific în a. 1992 a fost atribuit statutul Institut de Geografie al A.Ş. a Moldovei.
Institutul Naţional de Ecologie a fost înfiinţat în a. 1990 în baza Direcţiei Ştiinţă, Monitoring şi Normative ecologice a Departamentului Protecţiei Mediului înconjurător, Staţiunii silvice şi experimentale cu ocolul silvic experimental Hârbovăţ; Centrului tehnologic şi de proiectări, secţiilor ştiinţifice ale rezervaţiilor „Codru" şi „Iagorlâc", Secţiei de protecţie a plantelor din Străşeni, Staţiunii pedologice din Bender. Din a. 1992 Institutul s-a aflat în subordonare dublă: a Departamentului Protecţia Mediului înconjurător (mai târziu - Ministerul Ecologiei şi Resurselor Naturale) şi, din punct de vedere metodic - a Academiei de Ştiinţe din Moldova.
Aportul principal în dezvoltarea Institutului de Geografie îi aparţine m.c. M. Radul, dr. şt. geografice V. Proca, dr. hab. şt. geografice A. Levadniuc, academicienilor Tatiana Constantinov şi A. Ursu, membrului corespondent Maria Nedealcov, iar a Institutului Naţional de Ecologie – membrului corespondent I. Dediu, care a fost şi fondatorul lui.